بروز اختلاف در صلاحیت محاکم جزء ذاتی و غیر قابل اجتناب در روند دادرسی در محاکم می باشد و در بسیاری از موارد مشاهده می گردد که به دلایل گوناگون محاکم خود را صالح به رسیدگی به برخی از پرونده ها نمی دانند و این موضوع در خصوص پرونده های ارجاعی به شعب دیوان عدالت اداری نیز صادق می باشد.
در چنین حالتی ، هرگاه رسیدگی به شکایت در صلاحیت سایر مراجع قضائی باشد، شعبه دیوان با صدور قرار عدم صلاحیت پرونده را به مرجع مذکور ارسال میکند.
در صورتی که شعبه دیوان رسیدگی به شکایت را در صلاحیت مراجع غیر قضائی بداند، قرار رد شکایت صادر نموده و شاکی را به مرجع صالح دلالت میکند.
در صورت حدوث اختلاف در صلاحیت دیوان عدالت اداری و محاکم دادگستری حل اختلاف با دیوان عالی کشور است. در چنین حالتی شعبه رسیدگیکننده در دیوان عالی کشور پس از اخذ نظر مشورتی نماینده قضائی رئیس دیوان که از بین قضات دیوان عدالت اداری انتخاب میشود، در موضوع، اتخاذ تصمیم میکند.
در موارد اختلاف در صلاحیت بین شعب بدوی و شعب تجدیدنظر دیوان عدالت اداری، رای شعبه تجدیدنظر
در موارد اختلاف بین شعب دیوان عدالت اداری( خواه بدوی و خواه تجدیدنظر) و هیأت عمومی دیوان عدالت اداری، نظر هیأت عمومی متّبع است.
